Постсоветский период истории Академгородка

Распад советской экономической системы и самого Советского Союза привёл к глубокому экономическому кризису в Академгородке. Реальные зарплаты учёных резко снизились, нередко до уровня, ниже прожиточного минимума; началась массовая эмиграция учёных в зарубежные университеты и научные центры. В то же время наблюдались и положительные явления. Частные инвестиции (в основном из-за рубежа) привели к созданию в Академгородке исследовательских компаний и компаний по производству программного обеспечения. Были открыты подразделения компаний Интел и Шлюмберже и создана компания Новософт. К 2006 году частные инвестиции в экономику Академгородка достигли 150 миллионов долларов в год (увеличившись с 10 миллионов долларов в 1997 году), и присутствовала тенденция к их дальнейшему росту. 

В августе 2006 года принято решение о строительстве в Академгородке технопарка стоимостью 17 млрд рублей (затем ровно через год оценочная стоимость была увеличена и достигла 21 736,63 млн рублей).